许多冻干机带有自动控制系统，并同时兼备有手动控制功能，但自动控制的方式上各制造厂之间有很大的差别，用户必须弄清楚。
所谓冻干机的自动控制应该包括二个部分，一是冻干机的各设备按冻干工艺要求在规定的时间自动走停，二是冻干箱板层温度按冻干曲线要求自动跟踪，整个冻干进程不需要人工操作，当然如果需要也可进行人工干预。但有些冻干机的自动控制是不*的，仅能自动跟踪冻干曲线，其余部分需人工操作。
有些冻干机的自动控制仅能到冻干结束，冻干结束之后的箱内压塞、冷凝器除霜以及蒸汽消毒不能自动进行，需要人工操作，特别是蒸汽消毒部分，因涉及到许多阀门控制，人工操作比较麻烦，应该选择自动消毒程序的冻干机。
有些冻干机的自动控制是使用微机，操作、编程方便，显示的语言是冻干语言，还带有荧光屏，打印机和软盘，能同时储存几十个冻程序，每个程序内容可显示，整个程序内容可由打印机打出。而有冻干机的自动控制使用的是一种仪表，操作、编程均较麻烦，可储存的冻干程序也较少。
记录仪表对冻机来说也是一个很重要的仪器，它能把整个冻干的实际过程记录下来，以便日后存查，记录仪表大都采用多点记录仪，它既能打点，又能直接进行文字记录，还有数字显示系统。
北京博医康旗下的pilot系列冻干机，采用了先进的闭环控制方式的自动控制系统。用户可通过触摸屏以及plc（可编程序控制器）对冻干机进行自动化系统调整。同时，pilot系列冻干机拥有多系列不同的机型，用户可根据自己的具体情况，进行选购。