公司合同专用章丢失当事人可以先向当地公安机关进行重新申报，并对外宣布合同专用章的效力无效。在这段空缺时间内当事公司可以由其有关领导的签字进行确认合同效力。
一、公司合同专用章丢失怎么处理
公司合同专用章丢失的处理办法是当事人可以向公安机关申请重新由有资质的印章刻制单位刻制，并在报纸上公告。除当事人另有约定外，当事人可以暂时先使用签名或者按指印等签字的方式。
二、合同专用章要备案吗
合同专用章是需要备案的，因为如果不备案，当印章的真实性发生争议时，就无法保护自己的权益。公司合同专用章的法律意义为，合同当事人在合同上加盖合同专用章，表明合同要约、接受阶段已经结束，双方权利义务得到最终确认，从而确定本合同是经双方协商确定的。友情提醒，对双方具有法律效力，当事人应当根据合同行使权利、履行义务。
《印章治安管理办法》第三条：本办法所称公章是指国家权力、党政机关、司法、参政议事、军队、武警、民主党派、工会、共青团、妇联等机关、团体，企业事业单位，民政部门登记的组织，居(村)民委员会和各议事协调机构及非常设机构的法定名称章和冠以法定名称的合同、财务、税务、发票等业务专用章。
三、合同专用章和公司专用章的区别
从法律上说，公司公章与公司合同专用章在合同签署的效力方面没有差异，公司之所以在公章之外，还另行刻制合同专用章，主要原因如下：因为公司公章与公司合同专用章在使用与管理上存在区别。
1.二者的管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门；
2.用途范围及效力不同。公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订。公章则具有代表公司的功能，其效力除了合同的签订以外，还可涉及及于公司一切事务，如文件、通知及证明等，具有行政管理作用。